Status: completed
Projektbeginn: 01.08.2014
Projektende: 31.12.2015
Schlagworte: Gastrointestinaltract, microbial community, pig
Beschreibung
Ein entscheidender Schritt bei der Analyse der mikrobiellen Gemeinschaft des Magen-Darm-Trakts von Schweinen ist die Extraktion von DNA aus den verschiedenen Abschnitten. Die gewählte Methode sollte die Identifizierung der Mehrzahl der vorhandenen Mikroorganismen ermöglichen. Aufgrund der Heterogenität von Proben, ist es schwierig, Zellen aller vorhandenen Arten gleichermaßen zu lysieren. Daher ist es wichtig, die beste Methode, um die höchste Anzahl von Mikroorganismen abzudecken, zu ermitteln. Einige Methoden verwenden eine mechanische Lyse, die den DNA-Abbau erhöhen kann, während andere einen schonenden Ansatz verfolgen, der die vorhandenen Arten möglicherweise unterbewertet. Auf dem Markt gibt es ein riesiges Angebot an DNA-Extraktionskits und in der Literatur wurden mehrere robuste Methoden zur DNA-Extraktion verwendet. Die Standardisierung von Methoden ist wichtig, um zuverlässige Erkenntnisse über Formen der Bakteriengemeinschaft zu erlangen und Schweine-Studien vergleichbarer zu machen. Das Ziel dieses Projekts ist es, verschiedene DNA-Extraktionsmethoden zu testen und die Zusammensetzung der Bakteriengemeinschaft mit terminalem Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (T-RFLP) und Illumina Amplikon-Sequenzierung zu analysieren, um die am besten geeignete Methode für eine umfassende Untersuchung der gastrointestinalen Mikrobiota von Schweinen zu ermitteln.
Beteiligte Personen
Weitere Beteiligte Einrichtungen
Publikationen im Rahmen des Projekts
- Burbach K, Seifert J, Pieper DH, Camarinha-Silva A (2016): Evaluation of DNA extraction kits and phylogenetic diversity of the porcine gastrointestinal tract based on Illumina sequencing of two hypervariable regions
DOI: 10.1002/mbo3.312
